Un rapaz de 12 anos chamado Fuyuki Hinata ten un soño no que unha tropa de ras alieníxenas conquista o planeta. Natsumi, a súa irmá, para espertarlle, Natsumi dille que na parede hai un alieníxena (de broma) pero logo acontece que si que hai. Pegan ese alieníxena verde con aspecto de ra deformada chamado Keroro y átano mentres están na escola mentres que Fuyuki leva á escola a Kero-bóla do alieníxena para usala. Mentres tanto, desencadéase e tende unha trampa para Natsumi cando vén da escola. Cando os dous estaban perdidos chega Aki, a nai e Fuyuki e Natsumi avisan a Keroro que ela podía dissecarlle o atropelarlle co coche. Fuyuki di ó sarxento que podían ser amigos ao que Keroro rexeita indirectamente. Finalmente, cando recibe unha mensaxe de comandancia di que o abandonan, acepta a proposta de Fuyuki e son amigos.
