Начало строительства пещер относится к 1692 году. В 1709 году в подземельях была сделана церковь. Храм невелик - максимальные размеры его 9 на 6 метров, свод поддерживается четырьмя колонннами более метра в поперечнике каждая. Церковь, по свидетельствам, представляла помещение с несколькими входами. Церковь была устроена так, что войдя через один ее вход и встав в центре подземного помещения, можно было случайно выйти через другой. Разрешение на освящение подземной церкви было получено с большими трудностями, причина которых нам не известна. Местоблюститель патриаршего престола митрополит Стефан Яворский разрешил открытие церкви только 1711 года после ходатайства царевен Марии и Феодосии, сестер Петра I. Они же подарили в новую церковь частицы мощей Киево-Печерских чудотворцев, которые хранились в ней под престолом, иконостас, священные сосуды, книги и пожертвования. Пещеры служили еще в 19 веке экскурсионным целям. Подземный город имел множество ходов, лестниц, переходов, келий.
