Le titre reste un jeu de cartes et de stratégie qui vous propose de guider Snake dans des missions délicates. MGA2 propose encore plus de cartes possibles (500 par rapport aux 200 du premier volet). Les cartes pourront être mises à jour pour augmenter leur puissance. De nombreuses nouvelles cartes feront leur apparition permettant une plus grande variété de possibilités. Le jeu inclue une paire de lunettes de protection 3D pour certaines animations en cours de jeu !