El 16 de noviembre de 1989 fue asesinado el jesuita vasco Ignacio Ellacuría Beascoechea, propulsor de la Teología de la Liberación, por un pelotón del batallón Atlacatl de la Fuerza Armada de El Salvador, bajo las órdenes del coronel René Emilio Ponce, en la residencia de la Universidad, junto con los jesuitas Ignacio Martín Baró, Segundo Montes, Amando López, Juan Ramón Moreno Pardo, Joaquín López y López. Fueron también asesinadas Elba Julia Ramos, persona al servicio de la Residencia, y la hija de ésta, Celina, de 15 años. En la actualidad, el cuerpo de Ignacio Ellacuría yace enterrado en la capilla de la UCA.
