L'arribada massiva de turistes té també el seu impacte ambiental, i preocupa especialment el fons marí de Formentera. Després del toc d'alerta dels científics, ara és el mateix consell insular qui denuncia que cal més control de les embarcacions que hi fondegen il·legalment, a més de conscienciar tothom. En els darrers deu anys ha desaparegut part d'aquest bé submarí declarat patrimoni de la humanitat el 1999.
