Le contrôleur assure la sécurité des mouvements aériens et leur coordination avec d’autres organismes de contrôle civils et militaires. Il peut également détecter un aéronef non identifié (appareil ne répondant pas aux appels radio par exemple) et envoyer pour contrôle la permanence opérationnelle ( « police du ciel ») menée par des Mirage 2000 ou des Rafale.
Il guide (en dehors des phases de départ et d’approche faites par les contrôleurs de la circulation aérienne) les aéronefs militaires en missions opérationnelles en France ou sur des théâtres d’opérations extérieures. Il participe aux missions de combat de défense aérienne (avions contre avions) en décrivant les situations et donnant des informations de guidage.
Il fournit aussi aux pilotes des informations sur la météo, l’état des terrains, etc.