La presencia de una directiva del DIF municipal en la casilla electoral número 40 fue la causa por la que la sala Guadalajara del Tribunal Federal Electoral anuló esos votos y modificó el resultado con triunfo para Movimiento Ciudadano en la persona de Lionel Partida Ortíz, que es el actual virtual presidente municipal electo de Amatitán. La dirigencia de MORENA no se mostró conforme con el resultado y adelantó que impugnará.
