A série é focada no 24º Fantasma, bisneto do Fantasma tradicional. A ação se passa no ano 2040, e o Fantasma luta contra uma grande e corrupta corporação, em um planeta Terra praticamente devastado por desastres ambientais e por guerras.
O papel do Fantasma foi passado de pai para filho desde o ano de 1500, levando o mundo a acreditar que ele é um indivíduo único e imortal.
Cheia de ação e refinamentos tecnológicos, o desenho resgatou toda a face ética e heróica do Fantasma, e o character design da série ficou por conta de Peter Chung, criador de Æon Flux.