Mit dem 12Cilindri machten sich Flavio Manzoni und das Designteam des Ferrari Centro Stile daran, die stilistischen Codes der bisherigen Ferrari V12-Modelle mit Front-Mittelmotor radikal zu verändern. Tatsächlich stellt das Modell eine klare Abkehr von der rein skulpturalen Sprache dar, die beispielsweise den 812 Competizione charakterisierte. Der 12Cilindri setzt stattdessen auf ein noch anspruchsvolleres Designkonzept, das die formale Strenge gleichwohl beibehält, um ein Gefühl der stilistischen Einheit zu erreichen.
Klare Linien dominieren die Geometrie des Fahrzeugs und unterstreichen die Volumen, die ein nahtlos ineinandergreifendes Ganzes bilden. Die extrem sauber gearbeiteten Flanken verlaufen von einer V-förmigen Fläche ausgehend entlang des gesamten Fahrzeugs nach hinten. Obwohl die für Ferrari typische Sinnlichkeit erhalten blieb, wurden die Kotflügel mit äußerster geometrischer Präzision geformt: Alle Linien sind das Ergebnis von Schnittstellen zwischen den Volumen – die Designer wählten einen funktionaleren Formansatz, der Nostalgie widerspiegelt. Der muskulöse Heckflügel ist imposant, zeigt sich aber auch geometrisch perfekt kontrolliert. Am Frontflügel kommt diese muskulöse Spannung noch etwas deutlicher zum Ausdruck, während sie an den Flanken zurückgenommen wurde, was die monolithische Ästhetik der Karosserie nochmals betont.