Das Design des Innenraums des 12Cilindri ist in drei verschiedene Ebenen unterteilt: Die erste wird vom oberen Teil des Armaturenbretts dominiert und geht in die Türverkleidungen über. Es folgt der zentrale Bereich, während die dritte Ebene den Fußraum und die Sitze umfasst. Jede Ebene ist klar definiert – die Farb- und Materialkombinationen verstärken dabei den Dual-Cockpit-Effekt. Die einzelnen Optionen verleihen den Sitzen und anderen Ausstattungsmerkmalen entweder einen eleganten oder einen sportlichen Look. Die für Ferrari charakteristischen Merkmale Luxus und Leistung werden beim 12Cilindri durch einen Fokus auf ökologische Nachhaltigkeit flankiert. Es wurden in großem Umfang nachhaltige Materialien verwendet: zum Beispiel Alcantara, das zu 65 Prozent aus recyceltem Polyester besteht.
Der Stil des Interieurs wurde von der Dual-Cockpit-Architektur des Cavallino Rampante inspiriert. In den vergangenen Jahren verwendeten bereits Ferrari Roma und Roma Spider sowie Ferrari Purosangue dieses Layout. Die Kabine des 12Cilindri besitzt eine nahezu symmetrische Struktur mit zwei Modulen für Fahrer und Beifahrer. Sie bietet ein enorm hohes Maß an Komfort und Einbindung in das Fahrerlebnis.
