Las enfermedades autoinmunes son aquellas en las que nuestras defensas o sistema inmunológico funcionan de un modo anormal reaccionando frente a algunas células de nuestro cuerpo como si fueran "enemigos" y por tanto dañándolas. Este desajuste puede afectar solo a un tejido, a un órgano o a varios y acaban incluso produciendo cambios en los tejidos. Cada vez nuestro sistema inmune verá esta zona más como un cuerpo extraño. Es un caso parecido a las alergias en donde el cuerpo reacciona de un modo desproporcionado frente a sustancias que en si no son ningún peligro para nuestra salud. Los órganos y tejidos más afectados, habitualmente, son: la piel, los músculos, las articulaciones, los glóbulos rojos y otros componentes de la sangre y algunas glándulas como el páncreas o la tiroides.
Aunque no hay unanimidad al respecto algunas teorías etiopatogénicas afirman que, junto a una predisposición genética, el efecto de algunos microorganismos (Virus, bacterias, etc.) y/o el de algunos medicamentos. Dentro de la medicina naturista hay un sector muy importante que piensa que el exceso de vacunas y medicamentos también podrían ser causantes del alarmante incremento de las enfermedades autoinmunes.
Las dietas muy desequilibradas y llenas de aditivos también podrían "colaborar". En muchos casos, probablemente sea un conjunto de varios factores. Es necesario que se continúe investigando ya que cada vez hay más personas con enfermedades autoinmunes y hay que tener en cuenta que la mayoría son enfermedades que empeoran mucho la calidad de vida de la persona.