En el terreno experimental, quizás ha sido Joseph LeDoux quien más ha contribuido experimentalmente en los últimos años a la comprensión del papel de la amígdala en las reacciones de miedo. Para ello ha utilizado ratas, en las que creaba miedo condicionado a base de asociar un sonido con choque eléctrico, y en las que se medía la presión arterial así como la ‘paralización’ motora como síntomas de miedo. Cuando tras varias sesiones de condicionamiento, la rata oía el tono, sin estímulo eléctrico, se paralizaba y su presión arterial subía. En estos animales LeDoux y colaboradores han ido trazando, mediante registros de la actividad electrica en distintas zonas del cerebro, las áreas del cerebro que se activaban, demostrando que, como era lógico, lo hacían las vías auditivas desde el cuerpo geniculado medial hasta la corteza, existiendo conexiones directas entre aquel y los núcleos basolaterales de la amígdala e indirectas a éstos a través de la corteza cerebral. La información del shock eléctrico también llega a los núcleos amigdalinos. En la amígdala, finalmente, se elaboran las respuestas endocrinas, conductuales y motoras.
La amígdala juega un papel muy importante en el aprendizaje de las conductas emocionales. Una conducta emocional de gran trascendencia, es el llamado ‘condicionamiento de contexto’, que se refiere al aprendizaje de las conductas que empujan al animal a ponerse más frecuentemente en contacto con aquellos estímulos que son importantes para el mantenimiento de la especie (comida, sexo), aprendiendo a aumentar los contactos con los entornos que le proporcionan una recompensa (nutritiva, sexual o de drogas de abuso). Para lograr este objetivo, la constelación de estímulos que identifican a un entorno en el que se obtiene la recompensa, se asocia a ésta. Tal asociación tiene lugar en los núcleos basolaterales de la amígdala. Ello ocurre a través de un mecanismo sináptico, posiblemente dependiente del neurotransmisor glutamato y sus receptores NMDA.