Un segundo principio importante es que los mecanismos cerebrales de conducta emocional, tales como los que se ponen en marcha durante el miedo, la búsqueda de alimento o el deseo sexual, aparecieron ya en estadíos muy primitivos de la evolución animal y se han conservado en gran medida durante la evolución de los vertebrados, entre los que se cuenta el hombre. Las emociones conscientes se darían en aquellas especies animales que poseen consciencia. No es posible inferir si la emoción consciente que provoca una situación de miedo es percibida de modo igual por el hombre y un animal. No obstante, si los patrones de conducta que se evocan en tal situación, en el hombre y en la otra especie animal son iguales o muy semejantes, podemos asumir que una parte importante de los procesos cerebrales que determinan tal conducta son iguales en ambas especies. La mayoría de los componentes de las respuestas emocionales se ponen en marcha de manera no consciente. Como especuló acertadamente Freud, la consciencia es sólo la parte final de un sistema de operaciones cerebrales mucho más amplio. Hay que señalar, además, que, al ser los mecanismos neurales de las emociones evolutivamente más primitivos que los de los procesos cognitivos, se ponen en marcha de manera inconsciente de un modo más inmediato que éstos. De ahí que los procesos cognitivos estén más sometidos a las emociones que a la inversa y que puedan, en determinadas circunstancias, verse avasallados por éstas. Las emociones juegan, además, un papel importante en la determinación de conductas futuras y sus trastornos pueden dar lugar a graves alteraciones del comportamiento, de carácter patológico.
