Edward und Alphonse Elric haben mit dem Feuer der Alchemie gespielt und dabei (teilweise) ihre Körper einbüsen müssen. Auf ihrem Weg ihre Körper wiederherzustellen entdecken sie die unschönen Tiefen der Welt der Alchemie.
Brotherhood ist nach der Ursprungsserie Fullmetal Alchemist die zweite Anime-Adaption zum Manga.