Mantan pendiri Yayasan Pondok Pesantren Al-Zaytun, Imam Supriyanto mengungkapkan kontroversi keberadaan ponpes tersebut. Imam menyebut, ajaran di Al-Zaytun disebut mengabaikan petuah ulama, para kiyai dan fatwa ulama sehingga disimpulkan sesat oleh Majelis Ulama.
