Alguns minutos após a Missa Exequial celebrada pelo Papa Francisco na Praça São Pedro em 5 de janeiro de 2023, o caixão com o corpo de Bento XVI foi enterrado na cripta da Basílica, no mesmo local onde João Paulo II ficou enterrado entre a sua morte, em 2005, e a beatificação, em 2011.
O momento não foi filmado, mas fotografias divulgadas pelo Vaticano mostram que o enterro aconteceu na presença, entre outros, do secretário particular de Bento XVI (o Arcebispo Georg Gänswein) e de leigos consagrados que acompanharam o Papa Emérito em sua vida cotidiana.
