舞台は人類の言語、思想が分かれるよりもはるか昔の世界。神は天使達(グリゴリの天使達)に地上界の監視を命じた。命を受けた天使達は長きに渡って地上の人間達を観察していたが、その結果任務に就いた天使達の中に、人間に対し憧れを抱く者が現れ始めた。人間への憧憬を抑えられなくなった彼等は遂に堕天を決意。セムヤザを首謀者として7名の天使が地上界へ降り立ち、堕天使となった。 堕天使達は天界から持ち出した神の知恵を地上に広め、その結果人類は偽りの進化を遂げ、堕落する。また、堕天使達が人間の女性と交わったことで、天使と人間のハーフであるネフィリムが地上で増殖してしまう。
堕天使達が引き起こしたこれらの事態を憂慮した天界(エルダー評議会)は、地上界を浄化すべく大洪水の計画を決議。だがこの洪水計画に対し、人間でありながら天界でエルダー評議会の書記官を務める青年イーノックが、計画の中止を嘆願する。イーノックの嘆願に対し、評議会は計画中止の条件として「堕天使達の捕縛」を彼に命じる。 かくしてイーノックは、大洪水の執行を中止させるべく、自ら堕天使達の捕縛のために地上界へと旅立つ。
地上に降り立ったイーノックは、大天使ルシフェルとアークエンジェル達の導きの下、堕天使達の捜索を開始する。300年以上に渡る探索の末、遂に堕天使達の根拠地「背徳の塔」(通称:タワー)を発見する。
タワーへ潜入したイーノックは、各階層の世界を巡りつつ堕天使達と交戦する。エゼキエルとアザゼルは一時取り逃がすものの、サリエルの捕縛に成功。また、バラケルは火のネフィリムに飲み込まれていた事が判明し、彼を飲み込んだネフィリムをメトセラの助力によって退治する事に成功する。
残る堕天使達を追ってタワー内を進むイーノックは、かつて自身が地上の話を語って聞かせた堕天使アルマロスの階層に到達し、彼と交戦する。その最中、突如として冥界の王ベリアルが地上界に干渉し、イーノックを冥界へ誘き寄せるべく、少女ナンナをイーノックの眼前で冥界へ引き込む。イーノックはナンナを追って自ら冥界へ飛び込むものの、力及ばず穢れに飲み込まれてしまう。
一方、アルマロスは冥界へ飛び込んでしまったイーノックのことを想って泣き崩れるが、ルシフェルの唆しを受け、イーノックを冥界から救うべく自らも冥界へ突入する。アルマロスの奮闘によりイーノックの救出は成功するものの、アルマロス自身は冥界に取り残されてしまい、穢れに飲まれてしまう。
アルマロスによって冥界から救助されたイーノックだったが、冥界で穢れに取り込まれた影響で「堕天使を捕縛する」という使命に対する疑念に悩まされるようになる。自らの内に残る穢れを祓うため、イーノックは自身の肉体を地上に残して精神のみで天界に帰還し、10年の歳月をかけて穢れと悩みを振り切る。
その一方、地上では少女ナンナが英雄イシュタールとして覚醒し、勢力を盛り返した堕天使達に対する抵抗運動を繰り広げていた。
悩みを振り切ったイーノックは地上に残していた肉体へと帰還し、エゼキエルと交戦するイシュタールに加勢するべくタワー内のアラキエルの階層を進む。この階層で、アラキエルが既に死亡している事が判明する。階層の更に奥へ進んだイーノックはエゼキエルと交戦し、彼女の捕縛に成功する。
エゼキエル捕縛後、イーノックはタワーの更に上へと進み、そこでアザゼルと交戦する。しかし戦闘の最中、冥界の穢れによって怪物と化したアルマロスが突如出現し、アザゼルを急襲して消滅させた後、イーノックとも戦闘状態となる。アルマロスとの戦いでイーノックは一時窮地に陥るも、満身創痍で駆けつけたイシュタールの援護もあり、アルマロスの撃破に成功する。撃破されたアルマロスは、イーノックに向けて感謝の言葉を述べつつ闇へと沈んだ。
イーノックとイシュタールは最後の堕天使セムヤザの元へ向かう。セムヤザは生命維持装置の中におり、その装置からセムヤザを解放する鍵はイシュタールであるとミハエルは語る。イシュタールは生命維持装置を解除するが、その中にセムヤザの姿はなかった。
セムヤザが魂の欠片も残らず消えている事を確認したルシフェルは、イーノックにタワーを停止させるよう示唆。イーノックは背徳の塔の機能を停止させ、内部にいた人間達を偽りの進化から解放した。 そしてイーノックが使命を果たした事を確認した評議会が洪水計画を中止したことで、物語は終幕となる。
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