Mercredi 9 janvier, l'engin a disparu des écrans radars en s'écrasant dans le Jura. Le lendemain, le ministère des Armées a annoncé la mort du pilote et du navigateur dans le crash. Vers 11 heures mercredi, le capitaine Baptiste Chirié et la lieutenante Audrey Michelon sont entrés dans un couloir d'entraînement protégé à basse altitude (« R45 ») et n'en sont pas ressortis. Les secours ont travaillé sans interruption de mercredi midi à jeudi soir, y compris la nuit. Environ 150 personnes étaient déployées dans la vaste zone enneigée. L'impact semble avoir été d'une extrême violence, des débris ont été retrouvés sur une très vaste zone forestière du Jura.
