Pas rrëmujave të ?97-ës, kur socialistët rikthehen në pushtet, Fatmir Xhafaj bën ngjitjen e parë të madhe në karrierë. Fatos Nano e thërret Xhafajn dhe e emëron Sekretar të Përgjithshëm të Këshillit të Ministrave, post që ai e mbajti deri në vitin 1999.
