Wisata bahari adalah salah satu daya tarik wisatawan mengunjungi Wakatobi. Lebih dari 100 terumbu karang tersebar di Wakatobi.
Di salah satu pulau, terdapat sebuah mata air Goa Kontamale. Kedalaman mata air sangat beragam. Walau dijadikan tempat mandi dan mencuci oleh warga sekitar, mata air ini tetap terjaga kebersihannya selama ratusan tahun.
Benteng Keraton Buton adalah benteng seluas 22 hektar menjadikannya salah satu benteng terbesar di dunia. Saat ini terdapat 700 keluarga mendiami Benteng Keraton Buton.