En la actualidad los sistemas de knockout condicional están basados en la recombinación específica de sitio, que en realidad no es sino una forma más por la que el material genético se las arregla para reordenarse en muchos organismos de forma natural. En el caso de los knockouts condicionales, el sistema de recombinación más conocido y utilizado es el llamado Cre/loxP. Este sistema de recombinación procede de un virus que infecta bacterias, en este caso el bacteriófago P1. La belleza del sistema radica (como casi siempre suele ocurrir) en su simplicidad: una recombinasa llamada Cre, que reconoce dos secuencias cortas iguales que flanquean el fragmento genético a recombinar, llamadas sitios loxP. Utilizando un símil familiar, la recombinasa sería el equivalente a una tijera y un pegamento al mismo tiempo, mientras que los sitios loxP serían las señales donde hay que cortar y pegar en la secuencia genética, algo asi como "corte aquí y aquí y pegue los extremos, desechando el trozo intermedio".