Penyelidikan sumber api dan penyebab kebakaran yang menghanguskan KM Mutiara Sentosa satu, mulai dilakukan Komite Nasional Keselamatan Transportasi. Dari data sementara dan hasil wawancara knkt kepada beberapa korban, sumber api berasal dari sebuah truk ekspedisi yang menumpangi Kapal Mutiara Sentosa 1. Menurut ketua KNKT Suryanto Cahyono, para kru truk dan penumpang lainnya berusaha memadamkan api. Namun api semakin membesar dan tak terkendali.