Në gusht 1989, Nënë Tereza ia doli të vinte në Shqipëri. Pas shumë vite kërkesash insistuese drejtuar qeverisë komuniste më së fundi Agnes Gonxhe Bojaxhiu e realizoi dëshirën e madhe. Para largimit u shpreh se "vizitova vendin tim të dashur Shqipërinë dhe takova popullin tim".
Opinioni zyrtar i kohës e konsideroi "vizitë private?. Ardhja e Nënë Terezës në atdhe u prezantua me lajme të kontrolluara, duke i ofruar popullit vizitën në varrezat e dëshmoreve dhe në varret e nënës Drane dhe motrës Age në varrezat e Tiranës, ku e shoqëroi Marie Kraja. Ajo bëri dhe një vizitë në spitalin onkologjik, e shoqëruar nga Dr. Adelina Mazreku.
Gjatë vizitës së parë ajo u takua me presidentin Ramiz Alia. Gjatë gjithë bisedës, Nënë Tereza me thjeshtësi i foli hapur me dashuri nëne, duke e quajtur ?biri im?.
Alia u mundua të tregohej miqësor, por nuk ngurroi aspak që ta gënjente, duke i thënë se në Shqipëri nuk kishte të varfër e as të braktisur. Madje ai ia mohoi kërkesën për të hapur shtëpinë e misionit të bamirësisë, ku ajo kishte hapur të tilla në 96 vende të botës deri tek ato më më të zhvilluara si SHBA, Anglia, Kanadaja, Italia, Franca etj.
Në këtë vizitë Nënë Tereza shoqërohej nga gazetarja amerikane Janette Petriè, të cilën nuk e përfilli askush. Më 8 gusht Nënë Tereza u largua nga Shqipëria.
Në dhjetor të 1990 Nënë Tereza u rikthye në mëmëdhe bashkë me 80 vitet e një jete impenjative mbi supe. Kështu kur erdhi herën tjetër, mori një shtëpi përdhese me oborr të vogël, në një kthinë të rrugës "Siri Kodra". Aty u sistemuan motrat dhe misioni i parë i Nënë Terezës.
Në gusht të vitit 1992, Nënë Tereza erdhi përsëri në Shqipëri për të vazhduar aktivitetet e saj bamirëse. Në muajin gusht 1992, në Pallatit të Kongreseve, u organizua një konferencë për nder te Nënë Terezës, ku mori pjesë Presidenti i Republikës Sali Berisha dhe Nunsi Apostolik i Vatikanit Imzot Dias.
Presidenti Berisha i uroi ditëlindjen Nënë Terezës, e përshëndeti dhe e përgëzoi për kontributin si misionare në ripërtëritjen e besimit e të kulturës së krishterë ne Shqipëri.
Deri në vitin 1993, Nënë Tereza ka ardhur 5 herë në Shqipëri, por vendi i ndodhur në një situatë trancizioni të daljes nga kriza komuniste nuk e ka bërë shumë mediatik praninë e saj.
