O ano é 2023. Há uma guerra interestelar entre duas raças alienígenas: os Maians, que possuem pele acinzentada, e os Skedars, que se assemelham a répteis e que utilizam um disfarce holográfico para se parecerem como seres humanos escandinavos. Usando este disfarce, eles podem interagir com os humanos na Terra, sem que haja suspeitas. Enquanto isso, na Terra, há uma rivalidade entre duas facções: O Instituto Carrington, um centro de pesquisa e desenvolvimento fundado por Daniel Carrington, que secretamente opera um grupo de espionagem com os Maians, e dataDyne, uma corporação de defesa dirigida por Cassandra de Vries, que secretamente mantém um acordo com os Skedars: em troca da criação de um inteligência artificial capaz de quebrar uma nave alienígena antiga enterrada no fundo do oceano, os Skedars concordaram em ajudá-los com tecnologia alienígena suficiente para que a dataDyne se torne a maior empresa na Terra.
Uma agente do Instituto Carrington chamada Joanna Dark, cujas pontuações excelentes em seus treinamentos lhe renderam o codinome de "Perfect Dark", é enviada para resgatar um cientista chamado Dr. Caroll do prédio da dataDyne.
E assim começa Perfect Dark, um dos maiores clássicos do Nintendo 64.
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