Les communes et les particuliers utilisent des quantités non négligeables de produits phytosanitaires. Les surfaces communales traitées sont, en outre, souvent imperméabilisées, ce qui favorise le ruissellement et l’entraînement des pesticides vers les milieux naturels et, en particulier, vers la ressource en eau.
La Région Bourgogne-Franche-Comté a inscrit comme priorités la lutte contre les micropolluants parmi lesquels figurent les pesticides.