En un mundo yermo y poblado de máquinas, un pequeño robot bípedo es desterrado, sin explicaciones, de una ciudadela de metal bruñido. Así empieza Machinarium, una curiosa mezcla de puzle y aventura. Recomponiéndose y superando numerosos obstáculos que le separan de la ciudad y de su amada compañera, el jugador irá conociendo la historia del droide oxidado.