La historia comienza cuando se muestra al Príncipe de regreso a Babilonia, su hogar, trayendo consigo a Kaileena, la Emperatriz del Tiempo e indescriptibles cicatrices de la Isla del Tiempo. Pero en lugar de encontrar la paz que tanto anhela, contempla a su reino arrasado por la guerra y a Kaileena como blanco de un complot mortal. Cuando ella es secuestrada, el Príncipe la sigue hasta el palacio, sólo para verla ser asesinada por el Visir, quien nunca murió debido a que las Arenas del Tiempo no fueron creadas, y los eventos del primer juego nunca ocurrieron. La muerte de Kaileena desata las Arenas del Tiempo que golpean al Príncipe y amenazan con destruir todo lo que el ama. Arrojado a las calles y perseguido como un fugitivo, el Príncipe, que fue herido en su intento de rescatar a Kaileena, descubre que las Arenas lo han infectado a él también. Han hecho nacer a un Príncipe Oscuro, cuyo espíritu gradualmente lo posee cuando el menos lo espera.Convirtiéndose en el yo maligno del Príncipe tiene la misma debilidad que el Dahaka ya que mientras que el Dahaka no podía acercarse al agua, este al tocar el agua vuelve a la normalidad. Al igual que el Espectro de Arena de Warrior Within, el Príncipe Oscuro pierde gradualmente su vida, y necesita Arena del Tiempo para sanarse. Sin embargo, a diferencia del Espectro de Arena, el Príncipe Oscuro puede llegar a morir si no recibe arena para recargar la barra de energía en un lapso de tiempo. El Espectro de Arena poseía la ventaja de que si transcurría un período prolongado uno podía seguir jugando ya que siempre la quedaba una ínfima parte de vida.\r
En esta historia manejamos al Príncipe y a su alter ego, el Príncipe Oscuro, quienes tienen distintos estilos de pelea; mientras que el Príncipe maneja la Daga del Tiempo, puede interactuar con otras armas, como espadas, hachas y mazas; su otra mitad, además de usar la Daga, utiliza la mortal Daggertail, una cadena que puede utilizar a modo de látigo para ataques a distancia o para balancearse. Ambos aspectos del Príncipe utilizan el speed kill, un avanzado sistema de matanza que permite deshacerse rápidamente de los enemigos, matándolos antes de que estos noten que el Príncipe esta ahí, mediante una secuencia de botones. Este juego hasta el momento es mejor recibido que Warrior Within, ya que dejó de lado la banda sonora Heavy Metal, centrándose en temas originales árabes. Además, no esta tan centrado en la lucha, sino que vuelve más al estilo acrobático de Las Arenas del Tiempo, balanceando al mismo tiempo la lucha y las acrobacias.\r
En esta entrega también nos encontraremos a Farah que nos ayudará en buena parte del juego y a la que habrá que rescatar en un par de ocasiones.
