No século XXI, o mundo teve um período de paz graças aos esforços de Rockman. Dr. Wily afirma que agora é um homem mudado e decide se juntar a Dr. Right para desenvolver um robô gigante para manter a paz chamado Gamma. Era o sonho de Dr. Right criar um robô gigante para proteger e servir a paz mundial. Com suas pesquisas quase completas, tudo o que restava era combinar oito elementos de energia que foram espalhados sobre planetas desconhecidos e conferi-los a Gamma. Por alguma razão, os novos robôs mestres criados por ambos os cientistas para extrair os elementos de energia subitamente enlouqueceram. Dr. Right precisa dos oito elementos de energia que os robôs mestres estão protegendo para a criação da Gamma. Assim, quando Rockman fica sabendo sobre o incidente, ele e Rush partem para os planetas desconhecidos para derrotar os robôs mestres e recuperar os elementos de energia. E assim começa Rockman 3.
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