L'Enterprise et son équipage ont pour mission de rétablir les liens diplomatiques entre la planète Romulus et la Fédération. Mais à leur arrivée, ils découvrent que le Sénat de Romulus a été en majorité éliminé et que l'homme fort est maintenant Praeter Shinzon. Ce dernier est un humain, cloné à l'image du capitaine de l'Enterprise, et son but est de détruire la Terre