Asistenca e BE-së ndaj Shqipërisë, përfshirë fondet ndaj shoqërisë civile, ndjek një proçedurë strikte me sisteme auditimi rigoroze, bazuar në standarde shumë të larta të kontrollit të brendshëm, që garantojnë transparencën dhe menazhimin e zërave financiarë të fondeve të BE-së.