Në Kalanë e Shkupit ndërtohet edhe Muzeu i kohës dardano-ilire dhe ai i kohës osmane. Ndërtimi po shkon sipas dinamikës së parashikuar, në përputhje me marrëveshjen mes Komunës së Çairit dhe Drejtorisë për Mbrojtjen e Trashëgimisë Kulturore, të nënshkruar më 26 qershor të vitit 2012. Dy muzetë kanë arritur në fazën finale të ndërtimit, ndërsa në to do të ekspozohen gjetjet në lokacionet rrëzë vetë Kalasë së Shkupit që i përkasin periudhës ilire dhe asaj osmane. Ndërtimin e muzeve e kishte paralajmëruar kryetari i Komunës së Çairit Izet Mexhiti, natën e 10 shkurtit të vitit 2011, kur me forcë u ndaluan punimet për ndërtimin e një kishe.
"Në momentin e parë ne erdhëm këtu për të dhënë mundësinë, hapësirën që të gjendet zgjidhje që të reflekton historinë e Kalasë, historinë e gjitha periudhave, mirëpo këtë hapësirë dikush u mundu ta keqpërdorë dhe ne këtu jemi sonte të tregojmë se nuk lejojmë askënd të vepron në atë mënyrë", deklaroi Izet Mexhiti, kryetar i Komunës së Çairit më 10.02.2011.
Kisha në Kala nxiti edhe incidentin e madh ndëretnik, 3 ditë pas ndalimit të punimeve. Në marrëveshjen mes Mexhitit dhe Drejtorit të atëhershëm për Mbrojtjen e Trashëgimisë Kulturore Pasko Kuzman u ra dakord për ri-destinimi i objektit, nga Kishë në muze të kohës bizantine. Palët u morën vesh që punimet në muzeun bizantin të mos vazhdonin deri sa dy muzetë e tjerë të mos mbërrinin në të njëjtën fazë. Gjithashtu, një aneks i marrëveshjes së arritur dikton që objekti i muzeut bizantin të shkurtohet dhe të mos jetë i dukshëm nga jashtë Kalasë. Benjamin Arifi
