La operación, en marcha desde el año pasado, tenía como objetivo acabar con una red de ciudadanos macedonios que recluta a candidatos para unirse a grupos yihadistas en Siria y otros países de Oriente Medio.
Según las autoridades, existen vínculos entre los arrestados y 16 personas de origen macedonio asesinadas en Siria en los últimos meses mientras luchaban en grupos extremistas.
La policía busca a otras 27 personas relacionadas con la red.
Las operaciones contra posibles células que reclutan yihadistas se suceden en los Balkanes, en mayo, 32 personas fueron arrestadas por el mismo motivo en la vecina Kosovo.