La investigación de crímenes de guerra que incluyen la venta de órganos de prisioneros durante la guerra de 1998-99 en Kosovo es una de las condiciones de la Unión Europea para una eventual entrada de Kosovo.
El actual ministro de exteriores de Kósovo, Hashim Thaci, blanco él mismo de acusaciones de crimenes de guerra, defendió la creación del tribunal: “Este proceso va a permitirnos avanzar todos juntos, sin diferencias políticas y al mismo tiempo, con una cooperación muy estrecha con los Estados Unidos, la Unión Europea y la OTAN. Por lo tanto, estimados diputados, les pido a todos ustedes que voten a favor de la creación del tribunal especial”.
La guerrilla Ejército de Liberación de Kósovo ha sido acusada por la Comisión Europea de asesinatos, torturas y violaciones de civiles serbios, gitanos y de otras minorías.
Entre 1998 y 1999 la intervención militar yugoslava y las milicias serbias en Kosovo provocaron un éxodo de la población albano-kosovar y una crisis de refugiados.