شهدت المنظمات الحقوقية المصرية تحولات بلغت أكثرها أثرا في عهد الانقلاب، فقد وضعت المنظمات في موقف صعب أمام انتهاكات بارزة لحقوق الإنسان. وصنف المراقبون هذه المنظمات بين مواجه ومتفرج ومتواطئ.