Сюжет Agarest: Generations of War Zero разворачивается за тысячу лет до событий Agarest: Generations of War. В мире Агарест всегда существовал баланс между силами Тьмы и Света, но со временем армия Тьмы начала набирать силы. Чтобы получить преимущество, силы Света отправляют своего слугу Sieghart'а на поиски магических компонентов для создания артефактов, наделенных огромной силой.
Во время выполнения возложенного на героя задания, он спасает от существ Тьмы таинственную девушку по имени Мимель, обладающую магическими силами, в результате чего получает смертельные ранения. Вырывая Sieghart'а из лап смерти, девушка случайно передает ему свои силы, изменив тем самым весь ход истории и их судьбы.
