Dez anos após o primeiro episódio, o Conde Dooku (Christopher Lee) e seus aliados (entre eles, Boba Fett) resolvem enfrentar os Cavaleiros Jedi. Enquanto isso, a dupla Anakin Skywalker (Hayden Christensen) e Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor) devem proteger a senadora Padmé Amidala (Natalie Portman), que tem sua vida ameaçada por forças separatistas da República. As coisas rumam para uma possível guerra civil intergalática. A República cria um exército de clones para combater os separatistas. Simultaneamente, surge um clima de romance entre Anakin e Amidala. O problema é que os cavaleiros Jedi não têm permissão para se apaixonar.
