L'Armageddon est proche et tous les guerriers de la Terre sont morts. Raiden, Dieu du Tonnerre et protecteur de EarthRealm (la Terre), est sur le point d'être tué par Shao Kahn, l'empereur machiavélique et sans pitié de l'Outremonde. Par l'intermédiaire d'une incantation religieuse, il s'envoie à lui-même un message dans le passé à l'époque du tournoi Mortal Kombat sur EarthRealm organisé par le maléfique sorcier Shang Tsung. L'indice laissé par le Raiden du futur aura pour conséquence de changer les évènements passés.
