Ambientada en Londres a principos del siglo XX, la historia enfrenta al detective Basil de la Calle Baker, el Sherlock Holmes del mundo de los ratones, contra su loco y diabólico archi-enemigo, el Profesor Rátigan. La aventura comienza cuando el padre de la pequeña niña, Olivia Flaversham, es raptado por el secuaz de Rátigan, el murciélago Fidget. Es entonces cuando Basil, su nuevo compañero el Dr. Dawson y un adorable perro llamado Toby, se embarcan en una misión de rescate llena de acción, aventuras, misterio, fantasía y comedia.
