Πρόκειται για ένα πανθρακικής εμβέλειας προσκύνημα με μεγάλη ιστορία. Βρίσκεται μετά την Ξάνθη 16 χιλιόμετρα πριν την Κομοτηνή, αριστερά της εθνικής οδού.
Η περιοχή που βρίσκεται το μοναστήρι το 12ο αιώνα είχε το όνομα Παναγία.
Κατά την παράδοση η ιερά εικόνα της Παναγίας φανερώθηκε, εξ ου και Φανερωμένη, πριν τριακόσια χρόνια στον οθωμανό κύριο της γης της περιοχής, ο οποίος για τρεις μέρες έβλεπε σε φωτεινό όραμα ένα Σταυρό στην κορυφή ενός δέντρου. Ενημέρωσε κατ΄ εντολήν της Παναγίας το Μητροπολίτη και έσκαψαν στη ρίζα του δέντρου όπου βρήκαν την εικόνα.
Η εικόνα διεκδικήθηκε από αρκετούς οικισμούς και ενορίες. Η εικόνα, έπειτα από δέηση του Μητροπολίτη, τοποθετήθηκε σε ζωήλατη άμαξα και οδηγήθηκε μόνη της στο Μητροπολιτικό Ναό της Θεοτόκου όπου κάνει θαύματα.
Το 1955 ο μητροπολίτης Τιμόθεος αποφασίζει να επιστρέψει η Παναγία στο φυσικό της χώρο. Εγκαθιστά τη θαυματουργό εικόνα στη μονή Παναγίας Φανερωμένης Βαθυρρύακος και ξεκινά η ανοικοδόμησή της.
Από εκεί και πέρα το 1962 έγινε η ολοκλήρωση των κελιών που ξεκίνησε το 1958 και το 1971 κτίσθηκε το κωδωνοστάσιο. Αρχικά λειτούργησε ως ανδρικό μοναστήρι και αργότερα το 1960 ως γυναικεία μονή. Το 1969 έγινε και πάλι ανδρώα μονή.
Το 1970 έγινε ο μαρμάρινος θρόνος που βρίσκεται η Παναγιά και το 1971 εγκαινιάστηκε το παρεκκλήσι της Ζωοδόχου Πηγής.
Γιορτάζει στις 23 Αυγούστου.
