يقع مسجد القبلتين في الطرف الغربي من المدينة المنورة على مساحة تقدر بنحو أربعة آلاف متر مربع وشهد المسجد وعلى مر العصور أشغال توسعة وتهيئة جعلت منه واحدا من أجمل بيوت الله في المدينة المنورة.
