Aujourd'hui, l’objectif de MSF est de confier aux autorités de santé les projets VIH qui fonctionnent bien, comme celui d’Homa Bay au Kenya, ou d'Arua en Ouganda. Au Malawi, le manque de ressources humaines rend la tâche un peu plus difficile.
Les équipes consacrent leurs efforts à la simplification et à la décentralisation de la prise en charge, par exemple en espaçant le rythme des consultations médicales, et en introduisant la mesure de la charge virale dans les centres de santé. Le test SAMBA, le premier à pouvoir être utilisé en milieu rural, permet de savoir si le traitement d’une personne séropositive fonctionne ou non. La mesure de la charge virale n’était réalisable auparavant que dans certains laboratoires régionaux.