Des élèves et des enseignants ont dénoncé des dérives intégristes dans leur établissement catholique parisien, signalant notamment les propos inappropriés qu'auraient tenus des bénévoles d'une association anti-IVG lors d'un cours de catéchèse. Le lycée Gerson est considéré comme un groupe scolaire traditionnellement ouvert, mais serait également sous l'influence de l’organisation controversée Opus Dei.