La Ley de Justicia y Paz ha estado en el centro de muchos debates, donde su conveniencia y efectividad han sido puestas en duda.
Organizaciones de Derechos Humanos y las Naciones Unidas han sido muy críticas, pues consideran que la Ley abrió un espacio para la impunidad del paramilitarismo, que contribuyó poco o nada con el desmantelamiento del grave fenómeno, y que además no tuvo en cuenta a las víctimas.
En un fallo de 2006 sobre el contenido de la Ley, la Corte Constitucional condicionó varios apartes de la ley y declaró inexequibles otros, determinando que quienes se acogieran a la Ley debían hacer una confesión plena de sus crímenes, comprometerse con la reparación a las víctimas y la verdad, y no volver a delinquir, obligaciones mínimas que el proyecto de ley del gobierno no tenía en cuenta.
Posteriormente, en 2012, la Ley fue reformada a través de la Ley 1592, la cual sigue adoleciendo de hondas fallas, como la de prohibir a las víctimas reclamar reparación judicialmente a los paramilitares procesados por la ley 975, constriñéndolas a una reparación administrativa, cuya dudosa constitucionalidad está actualmente en estudio por la Corte Constitucional.
El programa hace un balance sobre las implicaciones que la Ley ha tenido para la justicia y para el país, y considera las perspectivas de la Ley en los actuales momentos.
