Dix ans après les faits relatés dans Inazuma Eleven , Arion Sherwind , jeune passioné de football , entre dans l'école de ses rêves : le collège Raimon , afin d'intégrer son prestigieux club de foot. Mais à son arrivée , le club est loin d'être comme il l'imaginait : il se faisait attaquer par Victor Blade un SEED (joueur surdoué) envoyer par le Cinquième secteur , organisme visant à répartir les victoires et les défaites équitablement , et donc , à détruire le football tel que l'on le connaissait. Avec ses amis Arion commence une révolution visant à rétablir le football d'avant , tout en enchaînant les victoires à l'Holy Road (Nouveau Football Frontier).