Billy et Kate habitent maintenant New York et Billy retrouve son mogwai Gizmo dans un laboratoire de recherche génétique dans le building où il travaille. Mouillé par erreur par le réparateur de fontaines à eau, Gizmo donne naissance à une nouvelle génération de mamouthe mogwai, qui se transformeront vite en Gremlins avant de partir à l'assaut d'un building high tech et utiliseront les ressources surprenantes d'un laboratoire de génétique. Les Gremlins tenteront ainsi d'envahir New York.
