Mephiles a déjà trouvé la Chaos Emerald, mais il n'est pas trop tard pour l'arrêter, c'est en tout cas ce que Shadow, Rouge et Omega considèrent.
Comme la première fois, il faut collecter plein de Chaos Drives en tuant des créatures de Mephiles, puis activer la vitesse du Chaos pour affaiblir Mephiles et le rendre vulnérable.
Après ça, il ne restera plus qu'à emprisonner Mephiles dans le Sceptre des Ténèbres, et ce sera fini.
Le thème de fin de l'histoire de Shadow est un remix d'une chanson du jeu Shadow The Hedgehog, qui s'intitule "All Hail Shadow".
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